El Programa Patagonia es parte del Departamento de Conservación de Aves Argentinas. A través de la investigación, el manejo y la gestión, el programa busca proteger la Patagonia, uno de los ambientes más prístinos y ricos del país.

A través de la investigación científica llevada a cabo por las entidades de investigación y universidades más prestigiosas del país, el programa busca promover la generación de conocimiento para entender los procesos biológicos del ambiente y la formulación de estrategias para conservarlos.

Por medio del manejo, el programa busca implementar estrategias de conservación para detener la extinción de varias especies en peligro y a su vez accionar para preservar la salud del ambiente. Finalmente, el programa busca gestionar la creación de áreas protegida y promover la conciencia ambiental y la sustentabilidad, tanto en comunidades locales como en el resto de la sociedad argentina.